A 17. században az orvostudományban döntő változások zajlottak. Az antik művek tudományos értéküket elvesztve, történeti dokumentumokká váltak. A medicina szempontjából a korszak legfőbb tanulsága az volt, hogy az addig Európában egyeduralkodó antik nedvelmélet nem ad kielégítő magyarázatot a szervezet működésére. A 17. század elején ismertette a kor egyik legnagyobb hatású orvosa, Daniel Sennert (1572–1637) elméletét (Institutionum Medicinae Libri V. Wittenberg, 1620.). Az anyag felépítését a kémiai és fizikai jelenségek oldaláról magyarázta. Úgy gondolta, hogy minden anyag igen kicsi, egyszerű, tovább már nem osztható részecskékből áll.

A század másik meghatározó orvosi iskolája, a jatrokémia (orvosi kémiai irányzat, amelynek feladata gyógyszerek készítése) születése. A 17. század eszköze volt a mikroszkóp, amelyet holland szakemberek fejlesztettek ki a század elején. A század legfontosabb mikroszkópos felfedezése Marcello Malpighinek, a bolognai egyetem anatómia-professzorának köszönhető. A mikroszkopikus anatómia vagy hisztológia „atyja”, az anatómia számára új dimenziót nyitott meg. Malpighi összefoglaló műve (Opera omnia…London, 1687.) számos metszetet tartalmaz felfedezéseiről. Róla nevezték el többek között a Malpighi-testet és a Malpighi-edényt, 180-szoros lencséivel felfedezi a tüdő alveolusait és a hajszálereket.

A 17. századi kötetek közül igazi érdekesség Ulysses Aldrovandi (1522-1605) olasz reneszánsz természettudós és orvos Monstrorum historia (A szörnyszülöttek leírása, Bologna, 1642.) című fametszetekkel gazdagon illusztrált enciklopédiája. A valós esettanulmányon alapuló ábrák mellett számos olyan kép is látható a kötetben, amelyen az emberi képzelet világában született lények szerepelnek. A könyv fametszetein háromfejű sárkány, madártestű asszony, altesténél összenőtt sziámi ikerpár, karok nélküli gyermek és pikkelyes testű tengeri ember is látható.

Thomas Tryon (1634-1703) angol író, a vegetarianizmus korai szószólója. Az út az egészséghez, hosszú élethez és boldogsághoz című könyvében kijelentette, hogy a hús számos betegség oka. Élete utolsó két évtizedében huszonhét művet publikált sokféle témában, beleértve az oktatást, a táplálkozást, az alkohol és a dohányzás okozta károkat és egyéb egészségügyi problémákat.

Sebastian Christian von Zeidler a prágai egyetem tanára és a porosz császár orvosa volt. A Somatotomia anthropologica… (Prága,1686.) c. művében található huszonnyolc anatómiai metszet az emberi testet, a magzatot és számos szervet ábrázol.

A Bibliotheca anatomica (Genf, 1658.) című kötetet két genfi orvos Daniel Le Clerc és Jean Jacques Manget szerkesztette, akit az orvostudomány, a sebészet és a farmakológia területén szerzett ismeretek egyik „nagy összegyűjtőjének” tartanak. Ez az egyik legátfogóbb 17. századi anatómiai értekezés gyűjtemény.

A 17. és a 18. századi orvoslás közötti korszakhatárt lehetetlen meghúzni. A fejlődés, a kibontakozás az előző időszak tudásanyagára, eredményeire épült rá. A 17. századi Thomas Sydenham angol orvos, a kórtörténet módszertanának kidolgozója, az „angol Hippokratész” elgondolásaival komoly hatást gyakorolt a 18. századi orvoslás alakulására (Thomas Sydenham: Opera medica. Genf, 1757).

Bartolomeo Eustachi (16.sz.) olasz orvos, minden idők egyik legnagyobb anatómusa, az emberi anatómia tudományának egyik megalapítója. Nevét viseli a fülben lévő Eustach-kürt és a magzati vérkeringésben fontos szerepet játszó Eustach-billentyű. Az általa készített anatómiai rajzok metszetlapjai közül életében azonban csak néhányat közölt, többségüket több mint százötven évvel halála után találták meg és közölték nyomtatásban (Bartholomaeus Eustachius: Tabulae anatomicae, Köln, 1716).

Giovanni Battista Morgagni olasz orvos, a patológia megalapítója. Munkájának jelentőségét az újfajta szemlélet adta, különösen nagy hangsúlyt fektetett arra, hogy a betegek tünetei és a belső szervi elváltozások között ok-okozati összefüggés van, ennek megismerése segítheti a kiváltó kórok megismerését. (Giovanni Battista Morgagni: Opera omnia, Velence, 1765.)