A középkori műtéti technikákat a görög orvosok, többek között Hippokratész és Galénosz írásaira alapozták. A műtéteket gyakran kolostorokban végezték, ahol a szerzetesek növényi alapú érzéstelenítőket készítettek. Könyvtárunkban található hazánk legrégebbi orvosi kódexe 1330-ból a Compendium medicinae. Hét könyvben, latin nyelven foglalja össze az orvostudomány különböző területeit. A mű szerzője Gilbertus Anglicus (1180 k.-1250 k.) középkori angol orvos volt. Főleg erről az enciklopédikus munkájáról, az Orvostudományi Kompendiumról ismert, amely valószínűleg 1230 és 1250 között íródott. Ez az orvosi értekezés egy kísérlet volt az akkori farmakológia, orvostudomány és sebészet legjobb gyakorlatának átfogó összefoglalására.

A 11. században a sebészet az arab írások latinra fordításának köszönhetően fejlődésnek indult. Mivel úgy éltek, hogy a jó egészség a négy testnedv (vér, nyálka, epe, fekete epe) egyensúlyban tartásának jutalma, a kor orvosai számára észszerűnek tűnt az a következtetés, hogy a testfolyadékok megváltoztatásával hatékonnyá lehet tenni a kezelést. Ennek az elgondolásnak a mentén végeztek például érvágást, amely a középkorban a leggyakrabban alkalmazott orvosi gyakorlatok egyike volt. Könyvtárunk őrzi Guy de Chauliac (1300–1368) francia orvos-sebész Chyrurgiale c. művének 1440-44 között másolt kéziratát. Chauliac Hippokratész elveit követve, a modern sebészet úttörői közé tartozik. Komoly szerepet vállalt a modern orvostudomány alapjainak megteremtésében, ezért a Sebészet Atyja nevet kapta későbbi kollégáitól. Avignonban tevékenykedett VI. Kelemen, VI. Ince és V. Orbán pápák udvari orvosa volt. Műve, a hétkötetes, latinul írt Chirurgia Magna sok ezer más sebésznek adott inspirációt, és megnyitotta az utat a modern orvoslás kialakulása előtt.

1472-ben másolták azt a német nyelvű kéziratgyűjteményt, amely Lanfrancus - Milánói Lanfranc (1250-1315) olasz származású párizsi sebész, a középkori francia sebészet nagy alakjának két művét tartalmazza. Ezenkívül megtalálható ebben a kódexben több becses mű: Guy de Chauliac „Chirurgia parva”-jának második része, egy anatómiai írás, Konrad von Megenberg népszerű gyógyszeres könyve, sok recept szembaj ellen, sebkezeléshez, rák ellen. Tartalmazza még a francia alkimista Johannes de Rupescissa (1350) elmélkedéseit a kvinteszenciáról. Rupescissa desztillációs kísérletei az általa aqua vitæ-nek, vagy általában quinta essentia-nak nevezett és minden betegség elleni csodaszerként emlegetett felfedezéshez vezettek. A kódex szép példánya a 15. század könyvkötészetének.

Az első önálló európai orvosi iskolának a dél-itáliai salernói orvosi iskolát tartják. Az iskolában az antik orvoslást tanították, elsősorban Galénoszt, Hippokratészt, továbbá arab szerzőket latin fordításban, majd eredeti műveket. A salernói iskola hírnevét egy tanköltemény terjesztette (Regimen Sanitatis Salernitanum, Lipcse, 1493, Velence 1500.), amely laikusok számára készült. Keletkezésének ideje és körülményei bizonytalanok. Valószínűleg az iskola fénykorából származik a 12. századból. A mű egészségügyi, diétás, gyógyszeres és gyógykezelési tanácsokat tartalmaz rímes hexameterekben leírva.

Konrad von Megenberg (1307-1378) a középkori orvoslás egyik legeredményesebb alakja. Több kötetnyi receptgyűjtemény és természettudományi enciklopédia szerzője. Megenberg korábbi művek felhasználásával írta meg az első német nyelvű természetrajzi munkát a Buch der Natur-t (Augsburg, 1475.). A kötet hierarchikus rendben tárgyalja az élő és élettelen természet alkotóelemeit az embertől a csodalényekig, 12 színezett fametszettel illusztrálva. Egyik metszetén a test és lélek gyógyításának korabeli ábrázolása látható.