A könyvtár Patachich-termében található egységes barokk gerinccel ellátott aranyozott bőrkötésű könyvek állapota az elmúlt két évszázad során érthető módon sokat romlott: a bőrkötések megsérültek, szakadozottak, a gerincek széttöredeztek, leváltak, a köteteken rovarkártevők nyoma látható.
A Nemzeti Kulturális Alapprogram Könyvtári Kollégiumának segítő támogatásával 2002-ben – a könyvtárterem rekonstrukciójának évében – az OSZK-Soros Könyvrestaurátor Műhely restaurátorai megkezdhették a kötetek helyi állományvédelmét. Az NKA további támogatásai pedig lehetővé tették, hogy a megkezdett munka évről-évre folytatódhasson. Az elmúlt tizenkét évben (2002-2013) a Patachich-terem bejáratától kezdve az oldalfalakon elhelyezett teljes könyvanyagon kívül a középső három pillér fénytől károsodott köteteinek (kb. 9.700 kötet), valamint a középső íróasztalokon elhelyezett kötetek tisztítását, konzerválását, és a kötések javítását (ún. sapkázás) sikerült elvégezni. Sürgőssé vált az értékes, de igen rossz állapotú ősnyomtatvány gyűjtemény (510 példány) helyszíni állományvédelme is. 2007 nyarán a külön teremben elhelyezett köteteken is elkezdődtek a munkálatok. A munka nagy része az általános tisztításon és bőrtápláláson túl rengeteg kötésjavítás, restaurálás elvégzését jelenti, hisz több esetben leszakadt táblákat, hiányos félbőrkötéseket kellett pótolni. A tizenkét éve tartó helyszíni állományvédelmi munkálatoknak köszönhetően a muzeális 16.000 kötetes Patachich-gyűjtemény erősen károsodott köteteinek állaga nagymértékben javult. Az elvégzett konzerválás hosszú távra biztosítja az itt található dokumentumok kutathatóságát.